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Evaluation of DNA Extraction Methods for the Isolation of Bacteria From Diesel Contaminated Soil

Melanie Bruckberger

出版	2013
URL	http://books.google.com.hk/books?id=2Os8tAEACAAJ&hl=&source=gbs_api

註釋

Die Untersuchung der Dynamiken von Diesel abbauenden Mikrobengemeinschaften in Boden wird heutzutage häufig mit Molekularbiologischen Methoden durchgeführt. Das Extrahieren von qualitativ hochwertiger und reiner DNA aus Bodenproben stellt aufgrund der komplexen Struktur und co-extrahierten Inibitoren eine grosse Herausforderung dar. Eine Diesel öl Kontamination des Bodens erschwert die Extraktion von geeigneter DNA zusaetzlich. Ziel war es, DNA welche mit zwei verschiedenen Extraktions kits (ZR Soil Microbe DNA MiniPrep, PowerSoil DNA Isolation kit) isoliert wurde, in Ihrer Qualitaet und Reinheit zu verleichen und mittels quantitativer PCR zu amplifizieren. Weiters wurde die Kontamination einiger Proben vor der Extraktion mittels n-hexan entfernt, um eine eventuelle Verbesserung der Qualität der erhaltenen DNA zu erzielen, und die Ergebnisse zu den unbehandelten Proben verglichen. Um festzustellen ob PCR Inhibitoren in den Extrakten vorhanden sind, wurden zusätzliche Untersuchungen durchgeführt. Die Testresultate zeigen, dass PowerSoil DNA Isolation kit eine grössere DNA Ausbeute und bessere Qualität erzielt hat. Die Vorbehandlung der Proben mit n-hexan, zeigten keine Verbesserung der DNA Qualität oder Reinheit. Inhibitoren wurden in einigen Extrakten des ZR Soil Microbe DNA MiniPrep kit gefunden. *****Molecular methods are gaining more popularity to investigate the dynamics and characterisation of diesel associated microbial communities in contaminated soils. However, soil is complex and contains problematic compounds which are found to be co-extracted with DNA and to interfere with downstream processes such as PCR when not sufficiently removed. Furthermore, components of diesel oil are known to inhibit amplification and constitute an additional challenge. Therefore it is important to remove these inhibitors beforehand to ensure accurate results. The goal of this study was to compare two commercial soil DNA isolation kits (ZR Soil Microbe DNA MiniPrep, PowerSoil DNA Isolation kit) in their effectiveness of extracting high quality DNA from diesel contaminated soil spiked with Escherichia coli, suitable for PCR. Additionally, a pretreatment with n-hexane, to remove diesel prior extraction, was applied to test whether an improvement of the quality and purity of the DNA was achieved. Quantitative PCR (qPCR) analysis further revealed the presence of inhibitors in the extracts. It was found that the PowerSoil DNA Isolation kit provided higher yields and higher purity for contaminated soil. Moreover, the pretreatment of the samples with n-hexane did not affect the DNA in any way, and was found unecessary. Inhibitors were found in most of the DNA samples extracted with ZR Soil Microbe DNA MiniPrep samples, indicated by a low A260/230 and qPCR. This study showed that the PowerSoil kit provides more suitable DNA samples when extracting DNA from diesel contaminated soil.