تُعد "مجلة دراسات شرق أوسطية" من أبرز ما يصدره المركز، وهي مجلة دورية علمية محكّمة تصدر أربع مرات في العام، وتُعنى بالدراسات والتقارير العلمية التي تقدم قراءات تحليلية للواقع وتستشرف المستقبل وذلك من خلال تقديم رؤىً وسيناريوهات متعددة، وتركز على المجالات السياسية والاقتصادية والاجتماعية والاستراتيجية أساساً في أبوابها المختلفة، وتستخدم المجلة برنامج Plagscan كنظام كشف الانتحال العلمي الذي تخضع له جميع المواد العلمية المنشورة فيها.

وللمجلة هيئة استشارية تضم في عضويتها 12 خبيراً عربياً من 7 دول، وهيئة تحرير علمية من 6 من الأساتذة والأكاديميين المختصين, تنشر ورقياً، كما تنشر إلكترونياً على العديد من قواعد البيانات العلمية العربية والدولية، منها EBSCO و Google Book.

استقطبت المجلة منذ تأسيسها مئات الخبراء والباحثين لتشكّل بوابة المركز للتأثير في الأوساط الأكاديمية الجامعية والنخب السياسية، وكان لذلك دور في نجاحها بالحصول على معايير اعتماد معامل التأثير والاستشهاد العربي أرسيف (Arcif) لعام 2018 الذي يُستخدم للإشارة لأهمية المجلات العلمية المحكّمة وتأثيرها ضمن حقلها، وتحرص المجلة على الاستمرار في تحقيق هذه المعايير كل عام. تتمتع المجلة التي يصدرها المركز بالتعاون مع المؤسسة الأردنية للبحوث والمعلومات بشخصية اعتبارية رسمية مستقلة منذ 7 آذار/ مارس 2000.