В работе рассмотрены вопросы математического моделирования и оптимизации эколого-экономических систем с позиции возможности их регулирования со стороны органов государственного управления. Проанализированы инструментарий такого регулирования, а также оптимальные параметры управления процессом эколого-экономического регулирования с учетом трансграничного загрязнения окружающей среды. Изложенный материал ориентирован на научных работников и аспирантов, занимающихся проблемами математического моделирования эколого-экономического регулирования процессов загрязнения окружающей среды и может быть полезен студентам и магистрантам, изучающим дисциплины «Экономико-математическое моделирование», «Математическое моделирование производственных систем» и «Экологический менеджмент».