O livro Rios de Portugal: Comunidades, Processos e Alterações surge num contexto em que se reconhece a grande importância dos rios para a sociedade e em que há um intenso desenvolvimento científico e técnico sobre os ecossistemas aquáticos em Portugal. Em 17 capítulos da autoria de diversos investigadores portugueses pretendeu-se cobrir as várias áreas de investigação ligadas aos rios. Assim, este livro começa pelos aspectos físicos fundamentais dos rios: a hidrologia e a sedimentologia. Seguem-se oito capítulos dedicados aos organismos aquáticos: algas, fungos e bactérias, vegetação aquática e ribeirinha, invertebrados, peixes, anfíbios e répteis, mamíferos, e aves. Os capítulos seguintes abordam as atividades antrópicas que causam fortes alterações na qualidade dos ecossistemas, a monitorização ecológica, e a restauração de setores degradados dos rios.
O penúltimo capítulo diz respeito à última secção dos rios, antes do mar, os estuários. E finalmente o último capítulo aborda as fontes termo-minerais que estão também fortemente ligadas aos cursos de água.