Junto a sus publicaciones en diversos campos, a Lea le interesó especialmente la historia de la Iglesia y, en conexión con ella, la historia de la Inquisición. Escribió así, entre otras obras, una Historia de la Inquisición en la Edad Media, en tres volúmenes, y esta Historia de la Inquisición de España, en cuatro, publicada en Nueva York en 1906-1907 y reeditada también allí en 1966. Traducida luego a varios idiomas, esa edición norteamericana, su reedición posterior y las traducciones, quedaron en buena medida desactualizadas pues Lea citaba en sus notas los fondos inquisitoriales del Archivo de Simancas que luego fueron trasladados con signaturas distintas al Archivo Histórico Nacional de Madrid donde ahora se encuentran. Por ello fue una labor benemérita la de la Fundación Universitaria Española al realizar en 1983 la traducción española, actualizando las referencias y el aparato crítico.

Agotada desde hace años esa edición, el concurso de la Fundación, la Agencia Estatal Boletín Oficial del Estado, y el Instituto de Historia de la Intolerancia, adscrito a la Real Academia de Jurisprudencia y Legislación, han hecho posible que el lector pueda disponer ahora de esta segunda edición española de un clásico de la literatura inquisitorial.