لقد تأثرت العلاقة بين جماعة الاخوان المسلمون والنظام السياسي في الاردن بطبيعة المرجعية الفكرية والعقيدية لجماعة الإخوان المسلمين، ورؤيتها لمدى المشروعية الدينية والقانونية للنظام السياسي الحاكم، وإستراتيجيتها في التعامل معه في إطار تصورها لطبيعة دورها في الحياة العامة، أما ما يخص النظام السياسي فقد أثرت عقيدته وشكلية تحالفاته الداخلية والخارجية وحجم ما يواجهه من تحديات وخبرته السياسية في نوع العلاقة التي تسود بينه وبين جماعة الإخوان المسلمين، كذلك ساهمت البنية الاجتماعية والسياسية والاقتصادية المرتبطة بالبيئة الداخلية بأشكال وصور مختلفة في تحديد طبيعة ومسار تلك العلاقة بين الطرفين، كذلك كان التفاعل المتبادل بين النظام السياسي وجماعة الإخوان المسلمين حساس لطبيعة المتغيرات الإقليمية والدولية نظراً لحضور البعد الخارجي في التأثير على السياسات بين القوى السياسية والنظام السياسي، الأمر الذي تضاعف بعد التغيرات البنيوية في النظام الدولي في العقد الأخير من القرن العشرين، وما تلاه من تداعيات في القرن الحادي والعشرين، حيث كان هناك العديد من المفاجئات في هذا القرن وهو في الحرب بين العالم الغربي والمسلمون، فقد تأسس معظم الفكر الحالي عن الألفية الثانية في التسعينات، حيث كان الناس يفكرون في اليوم الذي سيأتي فيه هذا القرن الجديد في ظل التحول الذي أصاب النظام العالمي في ضوء الأحادية القطبية التي يشهدها العالم.