Perdebatan paling seru menjelang diselenggarakannya hajatan nasional, Pemilu 2009, adalah bagaimana melanjutkan reformasi di bidang politik, khususnya sistem pemilu dan pemerintahan, yang ditujukan untuk memperkuat stabilitas dan meningkatkan efektivitas dalam mengimplementasikan kebijakan-kebijakan pemerintah. Tidak sedikit ahli politik berpendapat bahwa setelah turunnya Presiden Suharto, stabilitas dan efektivitas pemerintahan dinilai lemah. Kebijakan-kebijakan pemerintah tidak efektif diimplementasikan, bahkan pemerintah terpilih dapat diberhentikan di tengah masa kerjanya. Contoh yang paling mudah diingat adalah ketika Presiden Abdurrahman Wahid diturunkan dari jabatannya oleh MPR. Pada masa kepemimpinan Susilo Bambang Yudoyono, tidak sedikit kebijakan-kebijakan atau program-program pemerintah mendapatkan perlawanan bahkan penolakan dari DPR, misalnya pengangkatan Gubernur BI, rencana meningkatkan BBM, dan sebagainya. Berbaliknya pendulum politik di Indonesia setelah turunnya Presiden Suharto tidak lepas dari hasil amandemen UUD 1945.

Posisi presiden yang terlalu dominan di dalam sistem politik Indonesia dianggap sebagai salah satu faktor yang mendorong munculnya pemerintahan yang otoriter. Oleh karena itu dalam proses amandemen UUD 1945 kekuasaan presiden dikurangi, di sisi lain kekuasaan parlemen ditambah dan dipertegas. Amandemen ini sebenarnya dilakukan untuk menjamin terjadinya proses checks and balances antara lembaga eksekutif dan lembaga legislatif. Namun dalam kenyataannya, akibat dari amandemen adalah hubungan antara kedua lembaga ini menjadi disharmoni. Akibat dari ketidakharmonisan hubungan antara kedua lembaga ini menyebabkan implementasi kebijakan-kebijakan pemerintah tidak berjalan dengan efektif.